De inspectie bestaat uit een inspecteur-generaal (IG) en drie afdelingen die rechtstreeks vallen onder de verantwoordelijkheid van de IG.
De Inspectie belastingen, toeslagen en douane bestaat uit drie afdelingen: een stafafdeling, de afdeling onderzoek en de afdeling rechtsbescherming. Aan het hoofd van de inspectie staat de inspecteur-generaal.